CATATAN KELUARGA EDY MEIYANTO

Mungkin kita tidak perlu terlalu mengharap untuk dapat langsung mendapatkan Cahaya Allah SWT saat “menghadang” turunnya Lailatur Qadar. Mengapa?? Yah, karena sudah pasti kita tidak akan mampu menhadapinya. Ingat kisah Nabi Musa a.s. ketika memohon untuk ditunjukkan “wajah” cahaya Allah, maka Musa a.s. langsung pingsan dan bukitpun luluh tak ada daya buat menghadapinya, apalagi kita sebagai manusia biasa saja. Akan tetapi paling tidak kita masih berharap untuk mendaptkan percikan dari limpahan pancaran Sinar-Nya yang terhambur ke seluruh alam semesta ini. Kalau cahaya sinar matahari ditransmisikan lewat foton hingga ke Bumi, maka Cahaya-Sinar Allah SWT ditransmisikan melalui para Malaikat yang diutus-Nya. Kalau cahaya matahari mencerahkan hari-hari kita sehingga kita bisa melihat dan merasakan suasana di sekitar kita dengan jelas, maka Cahaya Allah akan mencerahkan qolbu kita sehingga kita bisa melihat , memahami dan merasakan segala sesuatu yang tersirat di sekitar kita.
Cahaya Allah adalah representasi sifat-sifat-Nya. Sifat-sifat Allah adalah serba tak terhingga dihadapan manusia yang di antaranya terekspresi di dalam asmaul husna. Sejumlah 99 nama yang masing-masing membawa berlipat-lipat cahaya yang harus kita kais bersama. Kita memerlukan percik-percik refleksi cahaya Allah untuk menumbuhkan nafs/kepribadian kita secara sehat dan bermanfaat untuk semua.
Cahaya Allah sudah pasti melingkupi kita semua. Sebagaimana matahari yang menyinari bumi, kita pun tak mampu menatapnya, apatah, Cahaya-Sinar Allah yang melingkupi segala sesuatu. Kita dapat mengais sinar matahari melalui cahaya yang dipantulkan lewat berbagai sudut ruang. Sebagaimana tanaman yang mendapatkan percikan cahaya matahari, maka tanaman itu akan mampu memanfaatkannya untuk melakukan fotosintesis yang sangat bermanfaat untuk proses-proses fisiologi yang lebih kompleks dalam pertumbuhannya, tumbuh membentuk daun, batang, cabang, bunga, buah dsb, semua bermla dari fotosintesis yang memerlukan sebagian kecil percikan cahaya matahari. Allah SWT memberikan perangkat yang sangat penting untuk ini, yakni: klorofil atau zat hijau daun (QS 6:99).
Kita perlu memanfaatkan perangkat yang berupa akal, fuad, dan qolbu untuk mengais Cahaya Allah yang terefleksi di setiap sudut kehidupan kita. Cahaya asmaul husna Allah yang terpercik lewat berbagai pantulan sudut itu, pastilah sudah cukup untuk menumbuhkan secara sehat lahir dan batin kita. Tidak perlu menatap Cahaya-sinar Nya. Masalahnya adalah bagaimana kita menghilangkan tabir-tabir yang menutupi pantulan2 Cahaya yang melimpah ruah itu? Dan bagaimana kita menajamkan perangkat kita itu untuk dapat bereaksi dengan cepat sehinga efektif seperti klorofil? Kita perlu belajar dari klorofil yang secara tepat dapat mengenali sifat cahaya matahari (sinar UV) dan mentransformasikannya menjadi bahan kimia (glukosa) yang bermanfaat banyak, maka kitapun perlu memahami sifat-sifat Cahaya Allah itu secara benar. Kita perlu mengenali sifat Allah dalam asmaul husna secara cermat. Dapatkan percikanNya, meskipun hanya sedikit dan transformasikan untuk pertumbuhan sehat jiwa dan pikiran kita sehingga dapat berbuah manfaat yang banyak.
Wallahu a’lam bishshowab

RAMADHAN, KREATIVITAS DAN PEDULI

Menjalani ibadah bulan Ramadhan yang sukses akan membentuk pribadi yang Taqwa (Al Baqarah 183). Ciri orang bertaqwa antara lain adalah meyakini (optimis), dan peduli (Albaqarah 177, ali imron 133) yang diekspresikan secara efektif sehingga menghasilkan kebaikan yang banyak atau berlipat ganda. Orang yang dapat menghasilkan dan mendapatkan kebaikan yang banyak pada bulan Ramadhan juga disebut sebagai orang yang mendapatkan Lailatul Qadr (Al Qadr: 2). Orang yang mendapat kebaikan yang banyak juga disebut sebagai orang yang mendapat HIKMAH (Al Baqarah 269).
Pada kehidupan sehari-hari, pekerjaan yang dapat menghasilkan kebaikan yang banyak adalah pekerjaan yang memiliki efisiensi yang tinggi dan memberikan solusi terhadap permasalahan aktual secara efektif. Pekerjaan demikian hanya dapat dilakukan dengan pemahaman dan kreativitas yang tinggi. Semua permasalahan kehidupan akan dapat diselesaikan dengan pemahaman yang cermat melalui dasar-dasar ilmu yang cukup. Masalah kesehatan harus didekatai dengan pemahaman ilmu kesehatan dan demikian juga untuk masalah-masalah yang lain, memerlukan pemahaman ilmu terkait. Namun pemahaman saja tidak cukup. Untuk dapat menyelesaikan masalah dengan efektif memerlukan kerja keras dengan kreativitas yang tinggi. Kerja keras dan kreatitivitas akan memunculkan innovasi dalam menghadapi masalah kehidupan. Orang yang bertaqwa insya Allah akan memiliki kreativitas dan kemampuan untuk melakukan kerja dan innovasi dalam menghadapi masalah kehidupan.
Pemahaman dan kreativitas adalah kombinasi untuk mendapatkan hikmah yang dapat berbuah kebaikan yang banyak. Oleh karena itu, orang yang bertaqwa adalah mereka yang tidak kenal lelah dalam menggali ilmu. Dialah ulul al-Bab sebagaimana yang disebut dalam QS Al baqarah 269, “ tiadalah orang yang mendapat Hikmah melainkan Ulul al-Bab”. Ulul Al-bab adalah mereka yang tak henti-hentinya melakukan riset atau pemikiran yang mendalam terhadap ciptaan Allah dalam segala keadaan untuk mengembangkan kreativitas dan pemahaman terhadap persoalan di lingkungannya. Ulul Al Bab juga melakukan eksperimen untuk mendapatkan nilai tambah dan kemaknaan/kemanfaatan terhadap potensi sumber daya yang ada tanpa kesia-siaan (Ali Imron 191).
Bulan Ramadhan mengantarkan kita semua untuk menjadi Ulul Al bab. Oleh karena itulah pada bulan yang penuh berkah ini sebaiknya kita manfaatkan untuk mengembangkan kecerdasan integral kita dengan mengembangkan ilmu dan kreativitas untuk mengatasi masalah-masalah di sekitar kita. Kita susun program tafakkur terhadap ayat-ayat Allah, baik yang tertulis di dalam Al Quran maupun ayat-ayat kauniyah. Kita asah kemampuan pikir kita dengan membangkitkan semangat eksplorasi dan eksperimen yang banyak. Mudah-mudahan Allah melimpahkan kebaikan yang bayak untuk kita semua dengan penuh Hikmah.

Edymei

Clinical Chemistry 55:5
914–922 (2009)Cancer Diagnostics
Salivary Leptin As A Candidate Diagnostic Marker In
Salivary Gland Tumors
Mirco Schapher,1* Olaf Wendler,1 Michael Gro¨ schl,2 Renate Scha¨ fer,1 Heinrich Iro,1 and Johannes Zenk1

Leptin Saliva Sebagai Tanda Diagnosa Tumor Kelenjar Saliva
Sejak ditemukannya leptin otonom yang diproduksi dalam kelenjar ludah, penelitian  sangat sedikit tentang  fisiologis atau patologis sitokinin dalam air liur. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui gambaran leptin serta reseptor Ob-Ra dan Ob-Rb dalam tumor kelenjar ludah parotid,  khususnya berkaitan dengan penggunaan leptin sebagai penanda tumor.
Sampel jaringan parotid  dari individu sehat (n= 31) dan pasien  tumor ( n= 97), termasuk sampel jaringan dari adenoma pleomorfik, adenolymphomas, adenoma sel basal, dan karsinoma yang beragam) dianalisis dengan menggunakan mikroskop ApoTome-teknik, imunohistokimia, immunofluorescence, imunoblotting, dan PCR real-time kuantitatif. Saliva dan konsentrasi plasma leptin diukur dengan menggunakan ELISA. USG digunakan untuk menentukan ukuran tumor sebelum operasi.
Hasil dalam semua leptin tumor kelenjar ludah ditemukan dalam jumlah yang jauh lebih tinggi daripada di jaringan parotid  sehat, sitokin ini tidak diimpor dari darah tetapi aktif yang dihasilkan oleh tumor. Hasil imunoblotting menunjukkan bahwa leptin adalah sebagai oligomer dalam kelenjar ludah. Tumor didapatkan dalam reseptor isoform Ob-Ra dan Ob-Rb. Konsentrasi leptin diukur dalam sampel air liur campuran, antara pasien dengan tumor parotis [mean (SD) 673 (484) pg / mL dalam adenoma pleomorfik, 679 (465) pg / mL di adenolymphomas, dan 880 (618) pg / mL dalam karsinoma] vs kontrol [125 (36) pg /] mL (P < 0,001).
Dari keseluruhan hasil yang diperoleh dapat disimpulkan bahwa mikroskop ApoTome-teknik, imunohistokimia, immunofluorescence, imunoblotting, dan PCR real-time kuantitatif merupakan suatu alat yang efektif untuk mengkonfirmasi diagnosis Tumor Kelenjar Saliva. Perhitungan statistik menggunakan uji Kruskal-Wallis dan uji Multiple-Perbandingan Dunn. Pengaruh merokok pada tingkat leptin saliva dianalisis dengan uji t-or Mann-Whitney tidak berpasangan. Selisih dengan nilai-P <0,05 merupakan nilai yang signifikan.

Resumed by : Dumasir (Program Pascasarjana Fakultas Farmasi UGM-2011)

Oleh: Arifina Budi Aswati

Assalamu’alaikum wr.wb

Jogja masih hujan, niiihh… saat-saat seperti ini adalah saat yang tepat untuk menumpahkan isi pikiran, haha..

Hmm… tulisanku kali ini agak sedikit lebih serius (heuff.. padanan kata yang tidak tepat :p)

Ya, kali ini tentang kita. Tentang Indonesia. Tentang Pancasila. Tentang politik. Tentang ideologi. Tentang Demokrasi.

Seperti yang kita tau, demokrasi itu punya arti sempit: mengemukakan pendapat seluas-luasnya. Sementara dalam arti luas: sebuah kata benda yang menjadi paham suatu individu untuk mampu membuka pikir dan berbicara di depan individu lainnya yang kemudian menjadi bahan diskusi atau pembicaraan kepada prosedur selanjutnya demi mencapai satu tujuan: mendapatkan hak. (Arifina-2011) (susah amat, ye?? XP)

Read the rest of this entry »

Oleh: Gagas Pradani Nur Ilmawati

salam inovasi !! (2)

Blackberry. Starbuck. Coca Cola. McDonald. Durian Montong. Jeruk Lokam. Apel Fuji. Pepaya Hawaii. Nescafe. Delfi. Dell. Nokia. Samsung. Cadburry. Philips. Honda. LG. Nike. Adidas. Puma. Intel. AMD.

Betapa baaaaaaaaaaanyak produk dari luar negeri yang masuk ke dalam negri Indonesia Raya ini. Begiiiiitu banyak produk inovatif buatan orang-orang negara lain yang kita konsumsi sehari-hari. Siapa bilang Coca Cola bukan suatu produk inovatif yang untuk membuatnya dan memasarkannya membutuhkan berbagai inovasi di berbagai bidang. Siapa kata kalau durian Montong yang saaaangat enak dan merupakan favorit masyarakat pecinta durian di Indonesia merupakan suatu hasil inovasi yang sangaaat patut diacungi jempol. Bahkan plasma nutfah durian ini berasal dari Kalimantan. Apa tidak mencengangkan? Lalu, bagaimana bisa jeruk yang berasal dari Cina bisa masuk ke Indonesia dan masih memiliki rasa yang enak dan segar. Kesegaran buah itu bukan semata-mata karena bibitnya yang baik, namun juga karena adanya inovasi dalam distribusi yang menjaga kualitas buah dalam keadaan terbaiknya. Bagaimana mungkin secangkir kecil Starbuck bisa dihargai 30ribu rupiah kalau bukan karena gengsi yang ditanamkan. Hal ini bukan semata karena bibit yang unggul dan rasa yang unggul. Ke mana saja orang kita selama ini? jadi apa saja kita selama ini? Memang orang Indonesia selama ini tidak ada yang mampu membuat bibit-bibit terbaik bangsa yang menghasilkan buah yang berkualitas tinggi? Bukankan negara ini negara yang kaya akan sumber daya alam?? ke mana saja semua itu? CUMA diekspor? BAIK BANGET, SIH. *nada nyindir2 dengan tatapan mata sinis sesinis burung elang

Read the rest of this entry »

Usaha dan jerih payah sudah dilakukan, mulai besuk saatnya anak2 akan menempuh Ujian…marilah semua menundukkan kepala, dan berdoa memohon kepada Allah SWT agar diberi kelancaran dan keberhasilan yang terbaik…

Alhamdulillah ..

Salam dan sholawat semoga tercurah bagi Rasulullah, Muhammad SAW.

Al Faatehah ….

” Rabbana atiina minladunka rohmatan, wa hayyi’lana min amrina rosyada”

“Ya Allah..berilah kami Rahmat dari sisi engkau. Dan sempurnakanlah bagi kami petunjuk yang lurus dalam urusan kami ini (menempuh ujian nasional ini)..”

“Allahumma sahla illa ma ja’altahu sahlan, waanta taj’alul hazna sahlan idza syi’ta”

” Ya Allah tidak ada kemudahan kecuali sesuatu yang telah engkau jadikan mudah, dan Engkaulah yang menjadikan yang susah menjadi mudah jika Engkau berkehendak”

“Y Allah jadikan mudah bagi anak2 yang sedang menempuh Ujian Nasional ini. Curahkan Rahmat dan petunjuk-Mu untuk mereka sehingga mereka dapat menempunya dengan lancar dan berhasil Lulus dengan nilai yang terbaik…”

Amien yaa Rabbal ‘alamiin..

Alhamdulillah…

A Novel FMR1 PCR Method for the Routine Detection of Low Abundance Expanded Alleles and Full Mutations in Fragile X Syndrome

Stela Filipovic-Sadic, Sachin Sah, Liangjing Chen, Julie Krosting, Edward Sekinger, Wenting Zhang, Paul J. Hagerman, Timothy T. Stenzel, Andrew G. Hadd, Gary J. Latham, and Flora Tassone

Direview oleh : Rifki Febriansah

(10/306838/PFA/0980)

Fragile X syndrome (FXS) merupakan suatu penyakit karena adanya pengulangan suatu trinukleotida yaitu berupa ekspansi dari sekuen CGG pada daerah ujung 5’-untranslated dari gen FMR1 (fragile X mental retardation 1). Diagnosa secara molekuler dari terjadinya penyakit FXS dan kelainan lain pada gen FMR1 biasanya menggunakan metode PCR dan southern blot. Akan tetapi, kemampuan atau keterbatasan jumlah sampel dari metode ini menjadi masalah tersendiri untuk penggunaan dalam analisis secara rutin atau berkesinambungan dengan jumlah sampel yang banyak. Sehingga, diperlukan suatu metode atau teknik yang secara spesifik dapat mendeteksi terjadinya FXS pada pasien dan dapat digunakan untuk menganalisa sampel dalam jumlah yang banyak.

Pada penelitian ini, dilakukan suatu pengembangan teknologi PCR yang khusus didesain untuk mengevaluasi dan mendiagnosis terjadinya penyakit FXS dan novel/gambaran dari gen FMR1 menggunakan sampel template DNA dari 20 sel line dan 146 sampel klinik dari pasien. Jumlah pengulangan nukleotida CGG dilakukan dengan melihat ukuran fragmen dari amplikon PCR menggunakan capillary electrophoresis (CE) dan agarose gel electrophoresis (AGE), dan hasil yang diperoleh dibandingkan dengan hasil analisis menggunakan metode southern blot dengan sampel yang sama untuk mengetahui sensitivitas dan selektivitas dari metode inovasi dari PCR (FMR1 PCR) tersebut.

Dari hasil penelitian diketahui bahwa metode FMR1 PCR secara akurat mampu mendeteksi adanya fullmutation pada allele hingga pengulangan 1300 CGG dan mengandung karakter GC hingga 99%. Semua kategori dari allele dapat dideteksi juga menggunakan metode southern blot, termasuk 66 sampel jenis full mutation, yang juga dapat diidentifikasi secara akurat oleh metode FMR1 PCR dari tiap jenis kategori penyakit FXS dari 146 sampel klinik. Reagen pada PCR yang digunakan juga dapat mendeteksi sebesar 1% fraksi massa dari 940 CGG allele dalam 99% 23-CGG allele, atau dapat dikatakan bahwa metode FMR1 PCR mempunyai sensitivitas 5 kali lebih besar dibandingkan dengan metode southern blot.

Dari penelitian tersebut dapat disimpulkan bahwa teknologi inovasi pada PCR (FMR1 PCR) yang dilakukan oleh peneliti tersebut dapat secara akurat mengelompokkan dari jenis kategori penyakit FXS yang diderita dan gambaran gen FMR1 dari pasien, termasuk allele yang sebelumnya dianggap terlalu besar untuk dilakukan amplifikasi. Reprodusibilitas metode FMR1 PCR untuk mendeteksi kelimpahan kecil dari allele full mutation dan kebenaran dalam mendeteksi sampel homozigot paada sampel wanita sudah teruji kebenarannya. Dari hal tersebut dapat diketahui bahwa metode FMR1 PCR sangat sesuai dan dapat menurunkan jumlah sampel yang dibutuhkan dibandingkan dengan metode southern blot.

Karakterisasi Alternalitif Strain dari Saccharomyces cerevisiae sebagai pengembang roti yang diisolasi dari fermentasi Buah Cherry menggunakan analisis SUC2 Gene

Review oleh ETYY SULISTYOWATI 10/306851/PFA/00981

Saccharomyces cerevisiae yang diisolasi buah Cerry dari Hokkaido, didapatkan strain AK 46 , strain AK 46 hanya dapat ekspresikan SUC2 merupakan salah satu gen invertase sebagai strain memiliki kemampuan pengembangan adonan yang tinggi dalam proses pembuatan roti. Sel khamir memainkan peran penting dalam pembuatan roti , karena menghasilkan gas CO₂ untuk pengembangan adonan dan memberikan rasa enak pada produk roti panggang. Strain yang digunakan untuk ragi roti komersial yang telah mengalami seleksi, mutasi, atau hibridisasi untuk meningkatkan kemampuan pengembangan. Khamir atau ragi untuk fermentasi gula sering terisolasi dari habitat alami mereka, tetapi yang diklasifikasikan sebagai Saccharomyces cerevisiae biasanya kurang memiliki karakteristik di atas .

Bahan
Khamir jenis AK 46 Strain diisolasi dari buah Cerry dengan cara :

5.0 g fermentasi buah campur dengan 50 g tepung dan 25 mL air untuk adonan kemudian diinkubasi pada suhu kamar. Bagian 0.1-g adonan beragi dipindahkan sampai 10 mL media isolasi terdiri dari sukrosa 20%, 0,3% ekstrak ragi , 0,5 polypeptone% dan kloramfenikol 0,005% dan diinkubasi pada suhu 30 ℃ selama 4 hari, kemudian diencerkan pada pelat agar-agar.

Strain AK 46 diisolasi dari koloni dan enam strain yang digunakan adalah NBRC 2043, NBRC 2044, dan 237, HP 203, HP 216, dan HP 467 .

Adonan dibuat tanpa gula dan yang mengandung 5% dan 30 % sucrose, Gas yang dihasilkan dari campuran tersebut diukur sebagai kemampuan pengembang adonan.

Metode

Teknik genetik molekuler Genomic DNA digunakan sebagai template untuk PCR. Primer yang digunakan adalah NL-1 (5′GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG- 3 ‘) dan NL-4 (5′-GGTCCGTGTTTCAAGACGG- 3 ‘dan SCS-12R (5′-CTTTACCCGGTTTCATTGTGTC-3 ‘) untuk SUC2 gen. Urutan dari amplifikasi fragmen yang ditentukan oleh DNA sequencer 310 Southern blot analisis kromosom utuh atau analisa DNA dilakukan setelah pemisahan dengan
CHEF atau elektroforesis gel. Pelacak disiapkan dengan memperkuat wilayah internal SUC2 gen menggunakan primer SCS-4F (5′GGGTTGTGGTACGATGAAAAAG- 3 ‘ dan SCS-11R (5′-TGTTCACAGATCCTAGAGCG- 3 ‘ dari genom strain X2180-1A. Hibridisasi dan deteksi kolorimetri untuk identifikasi kromosom.

Hasil dan Diskusi
Identifikasi strain terisolasi dari AK 46 yang dapat menfermentasi glucose, sucrose, maltose dan galaktosa namun tidak untuk laktosa. Produksi strain Saccharomyces cerevisiae telah menunjukkan polimorfisme dipisahkan menjadi tiga kelompok: pertama termasuk sake, shochu, dan ragi roti, yang kedua termasuk ragi anggur, dan yang ketiga termasuk bir, wiski, dan roti ragi.. Setiap kromosom diperkirakan dari mobilitas dengan perbandingan dengan yang strain-1A X2180. Dalam strain AK 46, digunakan probe gen SUC . SUC adalah hibridisasi dengan hanya kromosom IX, mirip dengan strain X2180-1A, menunjukkan ekspresinya pada gen SUC2 tunggal. Hibridisasi sinyal diamati dalam beberapa kromosom baking strain. Ketika DNA genomik dikenali oleh BamHI digunakan untuk analisis Southern blot, band hibridisasi strain AK 46. Teknik genetik molekuler Genomic DNA terisolasi dari sel-sel ragi dan digunakan PCR sebagai template Primer yang digunakan adalah NL1(5′GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3 ‘) dan NL-4 (5′GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3 ‘) untuk wilayah D1/D2 dari 26s rDNApada pITS1 dan pITS4 untuk seluruh Internal transcribed spacer (ITS) ditranskripsi mencakup ITS1,ITS2, dan 5.8S rDNA intervensi (Oda et al, 1997.), dan
SCS-1F (5′-GGAGGTTTCCCAATGAACAAAG-3 ‘) dan SCS-12R (5′-CTTTACCCGGTTTCATTGTGTC-3 ‘) untuk SUC2 gen. Urutan dari amplifikasi fragmen yang ditentukan oleh DNA sequencer 310. Urutan gen SUC2 strainAK 46 dapat dilihat pada DDBJ / EMBL / GenBank Aksesi pada bilangan AB495285 dan AB495286 . Strain yang berkembang pada industri sukrosa sebagai molase membawa beberapa gen SUC, sedangkan satu gen SUC2 ditemukan dalam fermentasi anggur dan mereka terisolasi dari habitat alami. Pemilihan strain ragi dengan fermentasi sukrosa menghasilkan akumulasi gen SUC dalam genom mereka, menghasilkan ekspresi yang lebih tinggi invertase. Sebagaimana ditentukan dari keberadaan gen SUC2 tunggal, strain AK 46 tampaknya berasal dari habitat alami dan belum dimanfaatkan oleh sukrosa.

Kesimpulan
Sebagaimana ditentukan dari keberadaan gen SUC2 tunggal, strain AK 46 tampaknya berasal dari habitat alami dan belum dimanfaatkan oleh sukrosa.

Metabolomic profiles dengan GC-MS/LC-MS sebagai penentu penanda kanker prostat

Direview oleh : Dyaningtyas Dewi PP

Sumber: Nature Vol 457, Feb 2009

Metabolomics adalah teknologi dalam bidang ‘omics’ yang berhubungan dengan karakterisasi dari molekul kecil metabolit.

Dengan menggunakan teknologi seperti resonansi magnetik nuklir (NMR), kromatografi-cair (LC) dan/atau spektrometri massa (MS).

Penelitian ini ingin mengetahui profil metabolomic untuk membedakan tingkat kejadian kanker prostat jinak (benign cancer), clinically localized prostate cancer (PCA) dan kanker prostat metastasis (metastatic prostat cancer) dan dapat digunakan sebagai penanda/marker perkembangan kanker prostat

Metode:

Biospecimens and cell lines

Biospecimens yang diambil adalah jaringan prostat, urine dan plasma yang diperoleh dari University of Michigan SPORE dan EDRN Tissue core. Semua sampel yang diperoleh mendapat persetujuan dari International Review Board

Macam cell line yang digunakan adalah sel RWPE, DU145,LnCAP dan PC3 yang diperoleh dari ATCC. Sel PrEC dari Cambrex BioScience, 22-RV1 diberikan oleh J Macoska dan VCaP oleh Pienta. VCaP dan LnCAP ditumbuhkan di charcoal-stripped-serum dalam media selama 24 jam sebelum perlakuan atau dengan 1 methyltrienolone nM (R1881, Nen) yang dilarutkan dalam etanol.

Metabolomic profiling. Sampel yang terdiri dari jaringan, plasma dan urin yang diambil dari pasien pada 3 stage kanker prostat, yaitu beningn,clinically localized prostat cancer dan metastatic prostate cancer diekstraksi, dipisahkan dan dideteksi dengan GC-MS/LC-MS, dianalaisis dengan MASS spectra, input data normalization dianalisis dengan interquartile range (IGR), penggambaran/klasifikasi hasil metabolit, pathway mapping, validasi dengan GS-MS dan fungsi dari karakteristik metabolit yang diperkirakan dengan uji in vitro. Metabolomic profiling dilakukan dengan menggunakan platform pada gambar 1. LC-MS yang digunakan adalah HPLC Surveyor dan Thermo-Finnigan LTQ-FT spektrometer massa (Thermo Fisher Corporation). Sampel yang dianalisis dengan GC-MS adalah sampel yang diderivatisasi dengan nitrogen kering menggunakan bistrimethylsilyl-triflouroacetamide (BSTFA) dan dianalisis pada Thermo-Finnigan Mat-95 XP menggunakan ionisasi elektron. Hasil LC-MS dan GC-MS, dilacak dengan menggunakan metabolomic library (Metabolon LIMS).

Cromatin Immunoprecipitation (CHIP) dan chip-PCR. CHIP ini dilakukan dengan menggunakan antibodi AR, ERG dan IgG. Penggujian AR CHIP menggunakan sel VcaP dan pengujian ERG CHIP, menggunakan sel VCaP. Kemudian di amplifikasi dengan PCR

Kuantitatif RT-PCR. Q-PCR dilakukan dengan menggunakan Power SYBR Green Mastermix.

Interferensi RNA. DU145 atau RWPE diberi perlakuan dengan siRNA (D001210-01, Dharmacon),

Cell motility assay. Untuk uji motilitas sel, sel RWPE ditanam pada 6 well plate kemudian diberi perlakuan e 50 µM sarcosin dan alanine.

Hasil :

Dari hasil pemisahan dan deteksi dengan GC-MS/ LC-MS dan data yang diinput pada metabolomic library diperoleh profil sarcosine, turunan N-metil dari amino asam glisin sebagai metabolit diferensial yang meningkat selama perkembangan kanker prostat dan dapat dideteksi didalam urin. Dari hasil profil metabolomic, diketahui sarcosine meningkat seiring perkembangan kanker prostat (benign, PCA, metastasis)

Pada uji dengan sel kanker prostat yang mengalami perlakuan knockdown enzim glisin-metil-N transferase. Pada penelitian ini diketahui bahwa enzim glisin-metil-N transferase berpengaruh pada perubahan glisin menjadi sarcosine.

Selain GNMT, tingkat sarcosine diatur oleh sarcosine dehidrogenase (SARDH), enzim yang mengkonversi sarcosine kembali ke glisin, dan dehidrogenase dimethylglycine (DMGDH), yang menghasilkan sarcosine dari dimethylglycine. Pada penelitian ini menggunakan siRNA yang membuat knockdown DMGDH dan SARDH pada sel secara in vitro. Penambahan sarcosine eksogen atau knockdown enzim dehidrogenase sarcosine yang menyebabkan sarcosine degradasi dapat meningkatkan kejadian kanker prostat.

Sehingga sarcosine dapat digunakan sebagai marker untuk mengetahui perkembangan kanker prostat.